ปัญหาและอุปสรรคในการพัฒนาและการนำ BSC ไปปฏิบัติ

การตั้งเป้าหมาย (Target)  เนื่องจากในการจัดทำ BSC นั้น ตัวชี้วัดแต่ละตัวจะต้องมีการกำหนดเป้าหมายที่ต้องไปให้ถึง  ถ้าต้องการให้ BSC  ก่อให้เกิดประโยชน์ที่แท้จริง  ซึ่งก็คือการพัฒนาความสามารถในการแข่งขันและการดำเนินงานขององค์กรแล้ว  เป้าหมายที่ตั้งควรจะเป็นเป้าหมายที่ค่อนข้างมีความท้าทายและอาศัยการเปลี่ยนแปลงหรือพัฒนาอย่างชัดเจน   โดยจะต้องอาศัยความพยายามอย่างสูงในการบรรลุเป้าหมายนั้น    นอกจากนี้ในบางกรณียังเป็นการตั้งเป้าหมายให้เท่ากับผลการดำเนินงานที่ผ่านมา  ซึ่งการตั้งเป้าหมายใน Balanced Scorecard ที่บรรลุได้ง่ายหรือเท่าเดิมนั้นจะไม่ก่อให้เกิดประโยชน์แต่อย่างใดกับองค์กร  อุปสรรคที่พบในด้านเกี่ยวกับการตั้งเป้าหมายนั้น มักจะเกิดขึ้นจากปัจจัยในเรื่องของทัศนคติ และความพร้อมที่จะรับการเปลี่ยนแปลง  ซึ่งนำไปสู่อุปสรรคที่สำคัญที่มักประสบในการทำ BSC

ในการออกแบบ BSC นั้น  การกำหนดวัตถุประสงค์และตัวชี้วัดของมุมมองแต่ละมุมมองนั้น 

มุมมองที่มักจะมีปัญหาค่อนข้างบ่อยและมากที่สุด ได้แก่ มุมมองด้านกระบวนการภายใน (Internal Business Process) และด้านการเรียนรู้และการพัฒนา (Learning and Growth)  เนื่องจากมุมมองด้านการเงินและมุมมองด้านลูกค้านั้น  การกำหนดวัตถุประสงค์มักจะเป็นไปตามกลยุทธ์ทั้งในระดับองค์กรและระดับธุรกิจ  ซึ่งปรากฏไว้อย่างชัดเจนในกลยุทธ์อยู่แล้ว  และการจัดทำตัวชี้วัดนั้นไม่ค่อยยากและมีปัญหาอะไร แต่พอถึงมุมมองด้านกระบวนการภายในนั้นปัญหาที่มักจะเจอก็คือ ผู้บริหารหรือผู้จัดทำ BSC จะนึกไม่ออกว่าอะไรคือกระบวนการภายในที่สำคัญบ้าง  ซึ่งอาจจะเนื่องมาจากความเคยชินในการทำงานแบบตามสายงาน (Functional) มานาน ทำให้มองภาพของกระบวนการที่สำคัญไม่ออก  สำหรับปัญหามุมมองด้านการเรียนรู้และการพัฒนานั้น มักไม่ได้เกิดปัญหาที่การกำหนดวัตถุประสงค์  (ส่วนใหญ่หนีไม่พ้นการพัฒนาบุคลากร หรือสร้างขวัญและกำลังใจแก่บุคลากร หรือการพัฒนาในด้านของระบบข้อมูลสารสนเทศ)  แต่ปัญหาจะอยู่ที่การกำหนดตัวชี้วัดของวัตถุประสงค์ในมุมมองนี้เนื่องจากมักจะเป็นสิ่งที่วัดได้ลำบาก เช่น การวัดทักษะหรือความสามารถของพนักงาน หรือแรงจูงใจในการทำงานของบุคลากร เป็นต้น